تزامناً مع التشغيل التجريبي لميناء الشيخ خليفة بن سلمان آل خليفة بدأت شئون الجمارك بتنفيذ برنامج تطوير إجراءات العمل وقد صرح العميد باسم بن يعقوب الحمر رئيس الجمارك بأنه تم استحداث عدد من البرامج التي تهدف إلى تسهيل إجراءات التخليص بميناء الشيخ خليفة بن سلمان، بدءًا بتحسين نظام التخليص الجمركي الالكتروني عن طريق شبكة الانترنت حتى يتمكن المخلصون من تدخيل بياناتهم من مقر العمل أو أثناء تواجدهم في المنزل ، وأشار العميد الحمر بأنه تم تطوير قسم المعاينة من خلال استقدام الحواسيب الدفترية وذلك لتسهيل عملية المعاينة داخل المبني ، بالإضافة إلى استقدام جهاز الأشعة وتقنين التفتيش الخارجي، كما تم دمج عمل المحاسبين وموظفي الإعفاءات تحت مسمى الموظف الشامل، حيث ركزت شئون الجمارك على الارتقاء بأداء موظفيها من خلال عقد عدة دورات تدريبية تتعلق بالإجراءات الجديدة وما يترتب على ذلك من تحسينات في برامج التخليص الجمركي .
 
     وأضاف بأن شئون الجمارك بدأت بخطة المرحلة المستقبلية من خلال طرح مناقصة لتغير نظام التخليص الجمركي الالكتروني الحالي إلى نظام شامل تحت مسمي النافذة الواحدة يفي بمتطلبات الجمارك المستقبلية ويساهم في تسهيل التجارة ، يقوم على مبدأ ربط جميع الجهات المختصة من وزارت ومؤسسات حكومية وشركات النقل والتخليص الجمركي والنقل السريع . كما سيتم من خلال هذا النظام استحداث إدارة المخاطر والتدقيق اللاحق الذي سيؤدي إلى تغير جذري في عملية التخليص عوضاً عن التدقيق المسبق على الفواتير والمستندات الخاصة بعملية التخليص الجمركي .
 
    وأوضح رئيس الجمارك بأن هذا النظام سيطبق على جميع المنافذ الجمركية ولجميع العمليات كالاستيراد والتصدير والتخزين في الربع الثالث من عام 2010 م ، وسيشهد هذا العام بلورة لجهود برامج التطوير والتحديث كبداية عمل للمفهوم الجمركي الحديث والذي سيكون بمثابة حدث مهم للمجتمع الاقتصادي والتجاري .

     واختتم العميد باسم الحمر بأن الجمارك تدرس حالياً عملية الربط الآلي مع جمارك المملكة العربية السعودية الشقيقة لتتمكن مسبقاً من الحصول على بيانات الشاحنات القادمة لمملكة البحرين عن طريق المملكة العربية السعودية والذي سيسرع من عملية التخليص الجمركي على جسر الملك فهد .