تقدم شئون الجمارك العديد من التسهيلات الجمركية على مستوى الأفراد وقطاع التجارة وقطاع الصناعة ، من هذه التسهيلات :
- اعتباراً من 1/1/2005م تعفى من الضرائب الجمركية والرسوم والضرائب ذات الأثر المماثل على كافة أنواع السلع العربية المنشأ والواردة طبقاً لاتفاقية تيسير وتنمية التبادل التجاري بين الدول العربية الأعضاء بعد تقديم شهادة المنشأ المعتمدة لدى الإدارة ، وسيتم استثناء كافة أنواع التبغ والسجائر ومصنوعاته والمشروبات الكحولية من الإعفاء الجمركي
- يتم إنهاء كافة الإجراءات الجمركية المتعلقة بالذهب والمجوهرات والألماس والأحجار الكريمة ذات القيمة المرتفعة بما فيها التثمين والإفساح بالمنافذ الجمركية.
- في ظل النظام الآلي للتخليص الجمركي الذي سيطبق قريباً سيتم ربط شئون الجمارك مع شركات النقل ، التجار المستوردين المصدرين ، مكاتب التخليص الجمركي والبنوك التجارية، وجميع الوزارات ذات العلاقة بالعمل الجمركي ، مما يعني تقديم خدمات جمركية بجودة وبأقل وقت وتكلفة .
- يجري الآن تطوير نظام دفع الرسوم والضرائب الجمركية عن طريق الدفع المباشر بواسطة البنوك ، كما يمكن عند تطبيق النظام الآلي للتخليص الجمركي دفع الرسوم والضرائب الجمركية عن طريق شبكات البنوك في الإنترنت .
- اعفاء البضائع العابرة لمملكة البحرين من الضرائب الجمركية .
- ترجيع الضريبة الجمركية المدفوعة على البضائع الأجنبية المستوردة بعد إعادة تصديرها الى خارج المملكة تحت الإشراف الجمركي وحسب اشتراطات النظام المعمول به .
- السماح بإقامة مستودعات إيداع جمركية خاصة خاضعة للرقابة الجمركية حيث يتمكن التاجر من تخزين بضائع أجنبية فيها مدة غير محدودة دون دفع الضريبة الجمركية حسب الشروط المتفق عليها مع الجمارك ، ويمكن إعادة تصديرها معفية من الضريبة ، كما أنه بالإمكان بيع أي جزء منها للسوق المحلية بعد دفع الضريبة الجمركية.
- تعفى من الضريبة الجمركية المنتجات الخليجية المنشأ .
- تعفى من الضريبة الجمركية منتجات الدول التي وقعت مملكة البحرين معها اتفاقيات ثنائية وفق الشروط المتفق عليها ، على سبيل المثال المنتجات الأردنية والسورية والتونسية .
- السماح بالاستلام الفوري والاستلام المباشر للبضائع على مدار الساعة حتى مواقع التجار حفاظاً على سلامة البضاعة ووقت وجهد المستوردين .
- يسمح بإدخال البضائع ( الأجهزة والآلات ) بصفة مؤقتة نظير ضمان مصرفي أو تأمين نقدي يسترجع بعد إعادة تصدير البضاعة .
- تقدم الجمارك خدماتها المتواصلة للعارضين في مركز المعارض وتوفر الخدمة الجمركية على مدار الساعة أثناء فترات المعارض وتسهل نقل المعروضات من منافذ الوصول بأسرع وقت وأقل قدر من الإجراءات والمستندات . علماً بأن مملكة البحرين عضواً في الاتفاقية الجمركية لمنظمة الجمارك العالمية المتعلقة بالتسهيلات الخاصة بإستيراد البضائع من أجل العرض في المعارض ، والموقعة في بروكسل عام 1961م.
- تقدم الجمارك تسهيلات عديدة للمستثمرين في الأسواق الحرة بمطار البحرين الدولي وميناء سلمان ، وبأسلوب عمل جمركي يسهم في نجاح حركة البيع في هذه الأسواق .